Outils d'analyse : SilexExplorer

Faciliter l’accès, l’intégration et l’analyse des données OpenSILEX

🌱 Contexte

Les données issues des plateformes expérimentales en agriculture sont riches et variées, mais aussi hétérogènes et issues de plusieurs sources : ressources génétiques, phénotypage, écophysiologie, etc.

Avant toute analyse, leur exploitation nécessite souvent des étapes longues et complexes : récupération des données, nettoyage, structuration et intégration de sources multiples. Ces étapes sont d’autant plus importantes car nous sommes dans un contexte de données massives avec des installations expérimentales de recherche fortement instrumentées pour lesquelles ces étapes doivent être automatisées, tracées et reproductibles.

SilexExplorer a été conçu pour lever ces freins.
👉 Son objectif : simplifier l’accès aux données de OpenSILEX et les rendre directement exploitables pour l’analyse scientifique.

🔍 Qu’est-ce que SilexExplorer ?

SilexExplorer est un service d’accès aux données OpenSILEX, basé sur GraphQL, et accompagné de packages R et Python destinés aux utilisateurs finaux.

Il permet de :

  • accéder à l’ensemble des données OpenSILEX via un point d’entrée unique,
  • intégrer automatiquement des données issues de sources hétérogènes, 
  • produire des sorties prêtes pour l’analyse (tableaux structurés, CSV). 

SilexExplorer s’adresse aux chercheur·se·s, datascientistes, responsables d’expérimentation, statisticien·ne·s, etc., souhaitant exploiter les données OpenSILEX sans se soucier de la complexité technique sous-jacente.

⚙️ Comment ça fonctionne ?

Fonctionnement SilexExplorer

Architecture et fonctionnement de SilexExplorer

SilexExplorer repose sur une architecture simple et modulaire :

  • Les bases de données OpenSILEX (RDF, NoSQL) stockent les données expérimentales. 
  • SilexExplorer, en tant que passerelle GraphQL, unifie l’accès aux différentes sources et intègre automatiquement les données. 
  • Les packages SilexExplorerR et SilexExplorerPy permettent d’interroger les données depuis R ou Python. 
  • Les résultats sont fournis sous forme de tables prêtes pour l’analyse (CSV, DataFrame).

Cette approche garantit un accès flexible, performant et reproductible aux données OpenSILEX.

✨ Fonctionnalités clés

🔹 Accès unifié aux données OpenSILEX

Un point d’entrée unique pour interroger l’ensemble des données OpenSILEX.

🔹 Intégration automatique des données

Les données issues des différentes bases de données OpenSILEX (RDF, NoSQL) sont combinées automatiquement, sans manipulation manuelle.

🔹 Sorties prêtes pour l’analyse (SilexExplorerR et SilexExplorerPy)

Via les packages R et Python, SilexExplorer fournit des résultats sous forme de tables directement exploitables pour l’analyse, la visualisation et la modélisation.

Exemples d’utilisation :

  • récupération des objets scientifiques d’une expérience et de leurs caractéristiques, 
  • accès aux données mesurées par variable, 
  • construction automatique de jeux de données pour l’analyse intra- et inter-groupes d’objets scientifiques.

Analyse intra-groupe

Visualisation des objets scientifiques au sein d’un même groupe.
Chaque graphique représente une variable, avec une courbe par objet scientifique, permettant de comparer leurs comportements.

analyse_intra_groupe_os

Analyse inter-groupes

Comparaison entre groupes partageant les mêmes caractéristiques, mais différant par le niveau d’un facteur (factor level), afin d’en observer l’impact sur les objets scientifiques. 

Les graphiques mettent en évidence l’effet de ce facteur sur l’évolution des objets scientifiques.

impact_facteur_sur_os

🔹 Flexibilité pour les utilisateurs avancés

Les utilisateurs peuvent également écrire des requêtes GraphQL personnalisées afin de récupérer uniquement les données nécessaires à leurs analyses.

🤝 Perspectives et collaborations

SilexExplorer est un outil en constante évolution, construit en lien étroit avec ses utilisateurs. Nous souhaitons :

  • renforcer les collaborations avec les équipes utilisant OpenSILEX, 
  • intégrer de nouveaux cas d’étude afin d’enrichir et d’élargir les fonctionnalités existantes, 
  • co-développer de nouvelles analyses adaptées aux besoins des communautés scientifiques.

👉 Les équipes intéressées sont invitées à partager leurs cas d’étude et leurs besoins, afin de contribuer aux évolutions futures de SilexExplorer. Pour celà, vous pouvez nous contacter : opensilex@inrae.fr

🔗 Accéder aux packages SilexExplorer