Interopérabilité d'OpenSILEX avec les standards et outils du domaine
L'interopérabilité est un sujet crucial pour OpenSILEX, dans le but de :
- Faciliter les saisies des utilisateur·rices
- Eviter les double-saisies et les erreurs qui en découlent
- Enrichir les données avec des méta-données de référence
- Garantir la complétude des données
- Faciliter la publication, la recherche et la découverte des jeux de données
ADONIS® (Acquisition des DONnées à INRAE) est un outil moderne d’acquisition de données sur le terrain. Adonis® assiste l’expérimentateur lors de ses saisies informatiques afin qu’elles soient directement réalisées sur le terrain. L’utilisation de la suite applicative fiabilise les saisies, assure leur traçabilité et permet le partage de dispositifs expérimentaux entre utilisateurs.
OLGA (Outil Local de Gestion des Accessions) permet de gérer les données passeport, taxonomiques et de caractérisation des accessions conservées dans les CRB (centres de ressources biologiques) de plantes. Il peut gérer des lots présents en cryoconservation, en serre ou au champ. Chaque collection peut disposer d'une instance, et d'une médiathèque. OLGA est en production sur une quinzaine de collections de plantes tropicales.
GeoFolia est un logiciel propriétaire de gestion de parcelles. Il permet de déclarer et suivre ses opérations agricoles, ITK, qui seront ensuite importées dans OpenSILEX sous forme d'événements.
RDG Data INRAE (Recherche Data Gouv) permet de partager et de préserver des données de la recherche, afin de les rendre conformes aux principes « FAIR », c’est-à-dire Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable. OpenSILEX permet de déclarer automatiquement vos expérimentations dans RDG et les identifier avec des DOI. Vous pourrez ensuite déposer vos fichiers de données et métadonnées exportés de OpenSILEX dans RDG, et diffuser vos données et faire le lien entre les expérimentations et jeux de données diffusés.
Dans le domaine de l'agronomie, Agroportal offre des fonctionnalités d'hébergement d'ontologies, de recherche, d'alignement, de gestion des versions, de visualisation, de commentaires et de recommandations. Agroporta facilite l'interopérabilité avec le web sémantique. Depuis OpenSILEX, déclarez vos variables en réutilisant ou enrichissant des vocabulaires et ontologies existantes.
FAIDARE (FAIR Data-finder for Agronomic REsearch) a pour objectif de faciliter l'accès aux données publiques sur la biologie végétale. Il s'appuie sur les spécifications de l'API de la Breeding API (BrAPI) et facilite l'accès aux ensembles de données génotypiques et phénotypiques concernant les plantes cultivées et forestières grâce à une interface Web conviviale. Il offre également une interface standard accessible par programmation via des services Web. Les données de OpenSILEX peuvent être automatiquement indexées par le portail FAIDARE et retrouvées sur OpenSILEX.
4P (Plant Phenotyping Processing Platform) est une plateforme de traitement des données acquises dans les installations de phénotypage au champ des unités expérimentales INRAE. Ces données proviennent des différents systèmes utilisés dans PHENOME (PHENOMOBILEs, Drones, perches LITERAL), équipés de capteurs divers (caméras RGB en stéréovision ou non, caméras multispectrales, LiDARs). Un workflow automatique a été mis en place pour que les données issues des traitements 4P soient automatiquement déclarés dans OpenSILEX avec toutes la traçabilité des traitement qui ont permis de générer ces données.
