Des centres de ressources numériques partagées
Pour le développement d’une recherche plus ouverte, menée par des communautés larges et pluridisciplinaires, il est crucial de disposer de ressources numériques (données, connaissances, logiciels, etc.) partagées et de qualité. Mais le partage et surtout la réutilisation de ces ressources restent trop difficiles car celles-ci ne sont pas suffisamment structurées, harmonisées et visibles.
Pour répondre à ces difficultés, OpenSILEX a coordonné la mise en place de deux centres de ressources numériques pour la communauté du phénotypage végétal et pour la filière viticole basée sur la suite logicielle OpenSILEX.
Ces centres de ressources proposent :
- des ressources documentaires de référence (guides, gabarits de données, protocoles expérimentaux, etc.),
- des liens vers des ressources sémantiques de référence pertinentes pour le domaine (ontologies, thésaurus, vocabulaires, etc.) partagées par les communautés en privilégiant AgroPortal.
- des ressources sémantiques contenant des descriptions d’éléments mutualisables (ressources génétiques, variables, etc.) produites par la communauté utilisatrice,
- des ressources logicielles (pipelines d’acquisition, calculs d’indicateurs, applications Web, etc)
Les ressources font l’objet d’une sélection et d’une validation avec des groupes d’experts partenaires. Elles sont ouvertes et librement accessibles, avec l’objectif d’aider et de faciliter le partage des données selon les principes FAIR ainsi que d’améliorer la transparence et la reproductibilité des expérimentations.
Chaque centre de ressources cible une ou un ensemble de communautés définies afin de leur proposer des ressources numériques de qualité. OpenSILEX s’assure d’avoir des ressources numériques réconciliables et partageables entre toutes les communautés utilisatrices. Ces centres ont été rapidement adoptés (plusieurs centaines de connexions de France et de l’international) et ont des impacts particulièrement intéressants.
Dans le cas de la communauté du phénotypage PHENOME-EMPHASIS, le centre de ressources a permis de lever un verrou lié à l’identification des ressources génétiques (par exemple impossibilité de faire des méta-analyses). Il n’est en effet pas possible de garantir qu’une ressource génétique (variété, accession) possède un identifiant unique. Par exemple, une espèce est déclarée sous plusieurs identifiants dans des ressources différentes (thésaurus Agrovoc, taxonomie du NCBI, thésaurus NALT, etc.). L’instance ressource permet de recenser et réconcilier les différents identifiants d’une ressource génétique (catalogues officiels ou des ressources génétiques, accessions...) à l’aide d’une méthodologie de description des identifiants issue d’une réflexion alliant plusieurs groupes d’utilisateurs.
Dans le cas de la communauté viticulture et œnologie, le centre de ressources Vitioeno (voir la figure) a permis le partage de ressources logicielles implémentant des méthodologies d’exploration de données via des applications Web. Il centralise notamment des applications permettant le calcul d’indicateurs agroclimatiques, le calcul du bilan hydrique, des suivis d’itinéraires de production de la filière vigne/vin ou le calcul d’indice pour la sélection variétale (Grape selector).
