Ressources génétiques - Germplasm

Gestion des ressources génétiques dans OpenSILEX

​Principes généraux - Notions d'unicité d'URI

  • OpenSILEX n’est pas un ‘centre de gestion de ressources génétiques’ et n’a pas la vocation de codifier et d’identifier les ressources génétiques. Notre objectif est de recenser et d' homogénéiser au maximum les ressources génétiques (espèces, variétés/cultivars, accessions, souches, races, lignés, …) en faisant le lien avec les véritables centres de ressources et de genebanks. 
  • Il ne sera pas possible de garantir qu'un germplasm a un identifiant unique. Par exemple, une espèce est déclarée sous plusieurs identifiants  dans des sources différentes (agrovoc, nalt, etc).
  • ​PHIS/OpenSILEX a donc pour objectif d'évoluer et de pouvoir recenser les différents identifiants d'un germplasm (ou d'une autre ressource comme une variable)
  • En attendant cette évolution, les autres uri recensés pour un germplasm pourront être ajoutés dans le champs "Description" du germplasm sous forme de liste :
  • Ex. : «uri=http://uri1_du_germplasm;http://uri2_du_germplasm;http://uri3_du_germplasm»
  • L'URI a pour vocation d'assurer  la non ambiguïté de l'identifiant, c'est à dire que cet URI identifie cette ressource et n'en identifie pas une autre également.
  • L'URI d'une ressource peut-être réconciliable avec d’autres URI identifiant cette même ressource (c'est pour cela qu'il est important de recenser les autres URI identifiant cette ressource va favoriser l’interopérabilité entre sources) 

Définitions

  • URI déréférençable / résolvable : l’URI permet d’accéder à une description de la ressource (fiche de la ressource sur un navigateur web).
  • Réconciliation d’URI : recenser et relier  différents URI identifiant la même ressource.

Déclaration d'un Germplasm dans OpenSILEX / PHIS

  • Il est important de rappeler que nous faisons le maximum pour ‘ne pas créer de nouvelles identités/URIs pour les ressources génétiques, mais plutôt d’utiliser les références existantes comme URI lors de déclaration d’une nouvelle ressource génétiques. Il existe ainsi une instance partagée pour chaque communauté pour recenser ces ressources génétiques.
  • Instance locale / Instance partagée :

Avant de déclarer un Germplasm, vérifier son existence dans l'instance partagée : 

  • s'il y est déclaré, récupérer l'uri de déclaré dans l'instance partagée pour le déclarer dans l'instance locale. (pour une liste de Germplasm, vous pouvez passer par les fonctionnalités d'export / import pour aller plus vite). Il est interdit de déclarer sur l’instance partagée une ressource avec un URI autogénérée en local.
  • Si le Germplasm n'est pas déclaré dans l'instance partagée, il est conseillé de le déclarer d'abord dans l'instance partagée et puis dans l'instance locale en forçant l'uri sur le schéma décrit ci-dessous :
  • Construction des URI des Germplasm :
    • Espèce : 
      • Espèces communes: utiliser l'URI Agrovoc de l'espèce

Ex. : http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_7955  -> Triticum_durum

  • Espèces inconnues/sauvages/croisement : créer l’espèce suivant ce modèle: https/’nom donné’/Lieu
  • Variété : 

Précisions sur la structuration de la partie « espèce » : 

  • pour uniformiser les noms, utiliser le nom latin, avec une majuscule au nom de genre
  • En cas de nom composé, utiliser le séparateur « _» : Triticum_durum

 

  • Accession
    • issue d’un CRB et ayant un DOI: l’URI=DOI
    • issue d’un CRB en attente d’obtention de DOI: respecter le même protocole que pour les variétés, avec la possiblité de mise à jour à postériori de l’URI quand le DOI sera obtenu
    • accession lié à une variété commérciale (ex APACHE acc code: xxxx du CRB GDEC Clermont Ferrand):  créer l’accession suivant le premier cas (DOI=URI) mais bien renseigner saa variété lors de sa déclaration
  • Lot de semence:

Utiliser l’URI de la variété ou l’accession déjà déclaré et le compléter suivant le modèle ci-dessous: 

URI variété ou accession/ nom variété ou accession_numéro de lot

 

Précisions sur la structuration de la partie « nom du lot » : répéter le nom de la variété ou accession dans le nom du lot, avec un « _ » entre les deux parties,pour plus de lisibilité

Ex. : RGT_Montecarlo_12345687 pour le nom du lot de semence -> http://Triticum_durum/RGT_Montecarlo/R2N/RGT_Montecarlo_12345687 ou https://www.geves.fr/catalogue/variete/139123-renan/Renan_F0254A300378EUE

 

 

Notes:

  • Les URI construits ne seront pas déréférençables, c'est un sujet sur lequel travaille OpenSILEX, mais cette structure permettra d'avancer sur les saisies et d'avoir un modèle partagé et qui soit résolvable.
  • Si ultérieurement à la création du Germplasm d'autres URI sont identifiés, ou si dès la création du Germplasm plusieurs URI sont connus, déclarer les autres URI dans le champs "Description" du germplasm sous forme de liste :

Ex. : «uri=http://uri1_du_germplasm;http://uri2_du_germplasm;http://uri3_du_germplasm»