Les systèmes d’information du LBE https://narbonne.montpellier.hub.inrae.fr/qualite-innovation/moyens-techniques/systemes-d-information
Proposition de texte :
La gestion des données en ligne et le suivi des bioprocédés continus a amené, l'UR LBE (Laboratoire de Biotechnologie dEnvironmental Biorefinerye l'Environnement), hébergeant l'infrastructure scientifique collective Bio2E, à mettre en place un système d’information qui assure la réutilisation et le partage des données issues de la recherche. Cela a conduit à élaborer une ontologie des connaissances dans le domaine de la bioraffinerie environnementale, (Environmental Biorefinery Ontology, EBO). Elle a été récemment mise en œuvre par le système d’information EnviBIS, qui s'appuie sur OpenSILEX.
L' Ontology s'appuie sur des ontologies de hauts niveaux et sur des thésaurus spécialisés dans la description des procédés de transformation biologiques et physiques et de la matière organique.
Dans l'état des publications, les termes des thésaurus publiés représentent 60% de l'ensemble des termes nécessaires à la description des données de notre recherche. La recherche des données scientifiques dans le domaine de la bioraffinerie environnementale au LBE s'appuie sur cinq objets d'études (1) procédé, (2) matière, (3) écosystème microbien, (4) capteur et (5) interaction, intégrés à l'ontologie EBO qui décrivent la digestion anaérobie, voie sèche, les pré-traitement, la bio-méthanisation, digestat, valorisation de sous-produits, biohydrogène, biomimétisme, écosystèmes microbiens, micropolluants organiques, bioaérosols, ACV, photogranules, bio-électrochimie, micro-algues.
Ces objets scientifiques sont reliés par des liens sémantiques tels qu'une matière est une entrée d'un procédé et une communauté microbienne est une sortie d'un procédé. L'Environmental Biorefinery Ontology, est developpée à l’aide des langages de programmation du web sémantique d'OpenSILEX utilisant RDF, RDFS, OWL, SParQL, etc., et aux ontologies de références intégrés à cet outil.
Ce système permet l'acquisition de données issues de capteurs qui sont également décrits tels que des capteurs de gaz, loi de contrôle et de commande, capteur logiciel.
ENVIBIS est aujourd’hui mobilisé dans plusieurs projets :
- BioGazRIO (2020 2023) : développement d’EnviBIS dédié aux bioprocédés, intégrant une modélisation sémantique des données.
- MeMo (2023 2025) : interopérabilité entre EnviBIS et DeepOmics pour la gestion conjointe de données métagénomiques et de séquençage.
- MethaSolCN (2025 en cours) : intégration de modèles et de spectres de spectrométrie dans le proche infrarouge (NIR) pour la caractérisation des substrats et l’analyse des procédés.
SILEX-LBE et EnviBIS, les systèmes d’informations du LBE
SILEX-LBE est le Système d'Information pour L'EXpérimentation de l'UR LBE à Narbonne qui a pour objectif d'assurer la gestion des données pour le suivi en ligne de procédés de dégradation par voie sèche ou liquide en conditions anaérobies, et de procédé de production de micro-algues.
Face au nombre croissant de procédés de recherche en digestion biologique et à la multiplication des capteurs sophistiqués générant de grandes quantités de mesures, SILEX-LBE permet de collecter, centraliser et analyser ces données. Il est connecté aux systèmes d’acquisition ODIN (INRIA BIOCORE), intégrant des données en ligne issues de capteurs, d’analyseurs automatisés ou semi-automatisés.
Il a été initié par un projet européen Telemac (2003-2007) puis il a pu évoluer grâce au projet européen CAFE (2008-2012) et le projet IRSES d'échange mexicain BITA (2009-2015). Il continue avec le projet européen NoAW (2016-2020) sur la publication (OpenData) "on-line" des données de procédés. Nous inclurons la partie web sémantique avec le projet régional Occitanie / européen RIO (2020-2023).